Vụ xì căng đan của Tập đoàn Năng lượng Trung ương Italia năm 2005 liên quan đến Eni và Gazprom. Eni là một trong hai công ty được lựa chọn để cung cấp khí tự nhiên cho Ý. Thủ tướng Ý Silvio Berlusconi là bạn thân của một trong những chủ sở hữu chính của Eni. Nghị viện Ý hủy bỏ hợp đồng.

Trong năm 2009, Ủy ban Châu Âu đã đưa ra các cáo buộc chống độc quyền chính thức chống lại Eni. Ủy ban này tin rằng Eni đã âm mưu (dự kiến) để giữ cho các đối thủ cạnh tranh sử dụng đường ống dẫn khí.

Sau vụ tham nhũng chống lại công ty con Saipem, giám đốc tài chính của Eni Alessandro Bernini đã phải từ chức và giám đốc tài chính Massimo Mondazzi mới tiếp quản vào tháng 12 năm 2012.